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来自工信部的数据显示，2012年，我国医药行业整体固定资产投资增速同比显著上升，增速超过全行业工业总产值和总资产的增速，显示出明显的扩张态势。另据医保商会统计，今年1至4月，我国经营原料药出口的企业有6812家，与2012年同期相比增加116家。
在新版GMP改造过程中，如此快速的固定资产投资极易使技术含量相对不高的原料药制造业出现产能过剩的问题，进而压低行业的整体利润，造成恶性竞争，这是当前很多原料药企业普遍面临的困境。
2012年，原料药行业利润出现了负增长，这是近年来少有的，利润下降的主要原因是消化环保成本的能力还不高，环保标准提速太快。一方面是所有成本都在上涨，另一方面又是终端药品价格在不断下降，这给原料药企业带来非常大的困难，除非企业具有很强的议价能力，但是这样的原料药产品目前还不是很多。
人民币汇率问题仍是制约企业发展的重要因素，人民币升值幅度的不断加大使附加值较低的大宗原料药及中间体出口压力不断增加。人民币汇率的持续升值已经严重影响企业的出口，我国原料药出口在价格竞争上的优势正逐渐丧失，对出口企业的经营也形成了一定的压力。
随着国家支持外贸发展政策措施的落实，将帮助企业加快转型升级，进一步提高综合竞争优势，缓解当前困难。总体上看，2013年我国原料药出口将在挑战中前行。如果我国原料药能够保持现有国际市场份额并有所扩大的话，同时考虑价格因素，全年出口有望实现8-10%的增长。
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