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药品价格过高是多因素的。改革开放初期，中国的所有商品都是计划定价。
随着粮油价格放开，药品价格也随之放开，国外药进入国内市场。国产药的生产也在体制改革的浪潮中顺应了市场法则，原来一毛几分的药难以在竞争中求发展，而且顶层也有意“放生”药厂到市场上“弄潮”。市场发展的结果使药品流通业得以壮大发展，因而也随即产生流通的成本。即使国家将一分钱几粒的药丸提高一倍、两倍，但都无法满足市场的运营。于是，仿造药和“换马甲”就应运而生，价格呈几何级数上升。“旧药变新颜”，出厂价与流通价共同地推高了零售价。而“高价药”赖以生存的土壤就是“以药养医”!虽然国家允许的药品加成率没有改变，依然是15%，但是进医院的价提高了十几倍乃至上百倍，医院从中也获得丰厚的利润。与此同时，医院的奖金激励政策也逐步松绑，医院自主权不断增加，“以经济为中心”的口号开始响彻医疗卫生系统。
医院与药商、医生与药商、医院与医生之间产生的在加成药品扣率和创收激励以外的药品回扣，以大药方、大检查的现象出现在各种医疗行为当中。这种“利益共同体”的出现使药品的价格产生了“良性循环”，药价越来越高。药品零售价格如此地高，不仅仅是医院、医生、药厂、药商的合力形成，政府有意与无意的推波助澜也有着决定性的作用。
首先是定价，如何定价?为什么要虚高定价?这就要问有关部门了。这种定价，即使取消对医院15%加成的政策性补偿，医院按原价把药“卖”给患者，也便宜不了多少呀!况且药品也只有费用的40-50%，小医院的药比会高些。也正是小医院要靠着药比生存，取消“以药养医”就得给予足够的补偿，否则就是今天的景象。
第二，很多药厂成为当地的经济支柱和社会稳定的基础。一种药造就了多少就业?带动了多少行业的发展?拉动了多少GDP?这就是政府乐意看到的。在金融危机的当年，“拉动内需”的口号同样响彻医疗卫生行业的领空。如果将药品生产置于市场的环境下，“尽可能多赢”本来是无可非议，因为它遵循药品这个商品的市场流通法则。但是，它确确实实是药品价格高的原因!这怎么能使“公益性”的公立医院去行使和体现公益性呢?
“以药养医”作为医院的运作模式之一，争议很大，要怎么破解这种现状?
“以药养医”是过去国家财政紧张制定的一条发展医院的政策，确实也给医院的发展带来了活力。“以药养医”实际上就是以市场为导向的一种政策，它使人们有意无意地遵循市场法则进行所有的医疗活动。随着国家经济的发展和人们需求的不断增长，社会的矛盾日益凸显。
“以药养医”这个制度在医疗领域所形成的弊病越来越成为社会的焦点问题，主要表现在：增加了患者负担的同时，增加了社会的负担;药品虚高作价不仅带来伦理道德的问题，也大大地降低医生的知识价值，成为行业腐败的利益根源。
 
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