上海衡山药业有限公司原为上海衡山制药厂（上海第二十一制药厂），始创于1942年，为我国最早专业化生产胶囊制剂厂家之一。公司位于上海闵行黄浦江上游地区，占地3.7万平方米。

五、六十年代，衡山药业作为上海医药行业的骨干制剂单位，为我国普药发展做出了很大的贡献。七、八十年代，衡山药业成为上海医药外贸胶囊制剂出口生产基地，生产四环素、氯霉素、强力霉素、消炎痛等，产品远销欧美、亚洲、非洲、拉丁美洲等五十多个国家和地区，并以优异的质量，获得联合国嘉奖，其中的四环素胶囊，还获得国家银质奖，被誉为“中国黄”。

八十年代中期，衡山药业积极开发新产品、新剂型，在上海第一家成功地开发了国产头孢氨苄胶囊。此后，产品开发更是突飞猛进，逐步形成了抗感染、心血管、呼吸类、消化类，消炎镇痛、小儿用药（干糖浆）六大系列八十个品种，剂型也从原先的胶囊制剂发展到片剂、散剂、颗粒剂、栓剂等。

为求更大发展，企业自筹资金异地改建。2004年，衡山药业新厂房竣工。除更新生产设备外，还花巨资从国外引进了一批先进化验设备。

2006年6月，经上海市国资委批准，衡山药业改制为有限责任公司。

改制后的衡山药业，加快了全面发展步伐，销售连续多年创新高，还多次荣获上海市文明单位、诚信企业、纳税大户、劳动关系和谐企业等光荣称号，在地区独树一帜。

2013年12月，董长军先生出任衡山药业董事长。

2014年5月，衡山药业正式通过国家新版GMP认证。

2014年8月，虞卫先生出任衡山药业总经理。