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21世纪初，人类对基因组认识的巨大进步带动了一批生物技术公司的兴起，现在这种情况也发生在微生物领域。随着人们对“体内微生物如何影响健康”这一知识了解的增多，有一批生物公司出现，开始在这个领域创业。
微生物与人体健康
人类基因组计划在2003年完成以后，许多科学家认识到解密人类基因组基因并不能完全掌握人类疾病与健康的关键问题，因为人类对自身体内存在的巨大数量的，与人体共生的微生物菌群几乎一无所知。人体内微生物细胞的数量是人体内细胞数量的10倍，初步的研究显示其所含基因数目的总和是人类基因组所含基因数目总和的100倍。在这些微生物里，以肠道中的微生物数量最多、种群最丰富，大约80%的人体正常微生物都集中在这里。
从2004年开始，就有科学家陆续发现人体微生物特别是肠道菌群与健康有密切关系。Nature、Science、PNAS等杂志几乎每年都刊登相关论文，2013年肠道菌群研究更成为热点。
2013年7月，发表在Nature上的一篇论文表明，肠道内有17种细菌能帮助人体调节失衡的免疫功能，防止出现炎症(Nature：17种肠道微生物能防炎症);Science Translational Medicine上一篇论文表明，肠道细菌或加速HIV患者病情及炎性反应。12月，两项刊登在Science上的研究报告称，生活在我们肠道中的细菌群落可帮助确定某些抗癌疗法的功效，其中包括那些先前被认为直接作用于肿瘤细胞的药物(Science：人类肠道微生物群有多稳定?) (Science：肠道微生物通过性激素来影响自身免疫风险)。而且肠道不同区段，微生物结构也不相同(PLoS ONE：胃肠道不同区段的微生物群落结构特征组成)，肠道微生物与肿瘤发生也相关(J Natl Cancer Inst.:肠道微生物组降低与结肠癌有关)
我国在这一领域研究地比较深入的是上海交通大学赵立平教授。赵立平2005年开始做肥胖与肠道菌群研究， 2006年开始有意识地调整自己的饮食结构，同时对自己的体重以及肠道中的菌群进行监测。两年时间内， 赵立平减掉了 40斤，腰围减小，血压、心率、甘油三酯、胆固醇等指标都降低，恢复正常。2010年6月，赵立平的减肥故事登上了Science杂志(Science:人类肠道微生物改变了小鼠的代谢)。
根据以上研究可以看出，微生物与人体健康有着密切的关系。当人体微生物群体紊乱时，可能会导致某些疾病——虽然两者之间的关系还没有完全弄清楚，但谜底已经在逐步揭开。
微生物疗法的新的创业公司
微生物研究逐渐成为热点，有些目光敏锐或是大胆的公司嗅到了这一先机，提前向这个领域进发了。这些公司正在研究使人体内的细菌群体恢复到平衡状态，它们是第一批“吃螃蟹”者，是最早尝试把这些研究转化成新疗法的公司。以下为5个公司的简述：
(1)药物研发公司Second Genome
成立于2010年，今年首轮融资1150万美元，并和杨森公司(Janssen)达成协议，推动一个以微生物为基础的溃疡性结肠炎新疗法。在自己的产品线里，该公司正在开发三个(未指定疾病)临床前微生物调节剂。
(2)Vedanta公司
由PureTech风投和一帮免疫学、微生物学家成立的公司Vedanta 生物科学，专注于开发针对自身免疫性疾病和炎症性疾病的微生物调节剂，目前它的第一个针对炎症性疾病的候选药物已经在进行临床前试验。强生公司对Vedanta生物科学也进行了投资。
(3)Seres健康公司
Seres健康，诞生于Flagship风投的创业实验室，它获得了1050万美元开发一种名为Ecobiotic的产品，该产品 侧重于将疾病状态下的微生物“移回”到健康状态。它的第一个候选药物瞄准了艰难梭菌菌株，该菌株对抗生素万古霉素具有耐药性。
(4)Microbiome公司
此前名为NuMe的Microbiome 治疗公司正在进行一个微生物调节剂的两项临床试验，该药物旨在提高前驱糖尿病患者的胰岛素敏感性，减少抗糖尿病药物二甲双胍对胃肠道的不良影响。
(5)ViThera制药公司
ViThera制药公司的方法涉及到用基因工程菌治疗肠道问题。ViThera制药公司成立于2009年，它的主要项目正处于临床前开发阶段，该项目针对炎性肠道疾病。
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